我是日本高中生名偵探工藤新一，有一次我跟蹤黑暗組織被發現，給對方強逼灌下不明藥物，結果身體縮成一個小孩般。為免遭到追殺，我隱瞞身份，化名為江戶川柯南，寄宿在偵探毛利小五郎家中，暗地裡為他解決案件。

今年夏天，名校國立小學連續發生失竊事件，校長懷疑是校內學生所為，於是私下請好友毛利叔叔調查，所以我和少年偵探團成員化身成校園臥底潛入學校，因為學生家長拒絕學校把學生當犯人地審問，並表明不介意小額金錢的損失，所以校方不便光明正大地調查。

我和少年偵探團成員以交流學生的身份進入國立小學，由於我們是新同學，所以對於我們的問題他們都十分樂意回答並且不會有懷疑。最後，我們鎖定了三名嫌疑人，他們在案發時都離奇失蹤。

咦？大家都在這！真好，這可以方便我們向嫌疑人問話。首先，我的目標是第一號嫌疑人原木山川，根據我從其他同學口中得知他常裝病逃課，剛巧案發時他又假裝不適要去醫療室休息，但校工指出案發時醫療室根本沒有學生。

我說:「嘿！原木同學，我……」。「哼！你們這些臥底不用再裝了，我們不是犯人，你不用套我們的話！」原木山川說。這時班長柴田杏花站起來說:「我父母說校長私下請偵探潛入校園。說起來最大嫌疑的人就是你們這幾個交流學生，整天問東問西的！」。同學們議論紛紛地說:「對呀！怎麼可以這樣，我們可是名門後代呢！」。

怎麼辦？我們的身份被懷疑了，可是我仍末找出兇手，再這樣下去恐怕案件會迫中止調查。我該怎麼辦……