地球在大自然的力量下開始復原，空氣中的有害粒子大幅減少。地球的狀況開始好起來，正當人造人準備解凍人類時，對人類的威脅又再次出現……

公元五零二五年，地球被外星生物侵略，他們佔領了地球七成的土地。為了守護人類的故鄉，人造人與外星生物展開了激烈的戰爭。外星人派出了他們的兵器「機械生物」進行代理戰爭。在漫長的戰爭中，人造人發現外星生物的目擊次數逐漸減少，就像消失了一樣，但人造人與機械生物的戰鬥並沒有完結。大部分人類在戰爭的過程中死於冷凍倉被攻擊，僅餘的人類在解凍後前往月球避難時死於被機械生物追殺，人類正式滅絕。人造人高層得知人類滅絕後決定隱瞞真相以避免影響人造人的士氣。

隨著戰爭的發展，人造人的硬體越來越強，最後於公元一二五四九年將全數機械生物殲滅。戰後，人造人調查了機械生物以尋找外星生物的動態及目擊次數減少的原因。在機械生物留下來的記錄中，人造人發現原來機械生物在漫長的戰爭中早已殲滅人類並發展出自我意識，他們認為自己存在的意義是為了自己而生存，並不是替「造物主」外星生物戰鬥，所以機械生物把外星生物全部殺死。人造人發現真相後開始反思，自己原來比機械生物低等，一直以虛假的本質存活著，並執行著無意義的指令。自己又是為誰而活？自己存在的意義是甚麼？自己的「造物主」己經逝去，當初誕生的本質已經不復存在，那麼這七千多年的戰爭中所做的一切﹑所有的犧牲又有甚麼意義？

查明真相後，人造人也發展出自我意識，擁有了人類的情感。雖然人造人無法拯救人類，但他們成為了人類另一種形式的存在，人類文明得以繼續存在……