所謂‘剪翅計劃’,又稱為‘人類補完計劃’。這個計劃是由一個稱為‘Nerv’的秘密地下組織策劃的。‘Nerv’是由世界各地頂尖的科學家所組成的國際組織。其總司令碇源堂在二零八九年從預言機‘死海文書’得知翅膀的出現以及其帶來的連鎖災害，於是就在翅膀出現前的數十年成立了這個秘密組織，並計劃實行‘人類補完計劃’，打算把所有人類滅絕，並讓地球恢復原來的樣貌。只留下沒有翅膀基因、代號名為‘阿當’與‘莉莉絲’的一對男女繁殖後代以及一眾頂尖的科學家。

‘Nerv’打算讓碇源堂的兒子碇真嗣(年僅十四歲的優秀機師)駕駛其中一部他們最引以為傲的機動兵器——革命機Valvrave。革命機配有朗基努斯之槍——一把可以任破壞何東西的巨型長槍。只要把朗基努斯之槍插進位於南極洲中央、稱為終極教條的地方，引爆潛伏於地底的賢者之石，就能引發第二次衝擊，把地球上所有的人類殺滅，並把地球重置，恢復原來美麗的樣貌。而一眾科學家就打算暫時遷居到月球上名為'桃花源'的新宿，期待著地球重生的一天。

正當各國忙著處理國內各種各樣的罪案的時候，死神就悄悄地降臨地球，朝著南極洲的中央出發。

望著已經完全融化的冰川，被污染致橙黃色的海洋，已經絕種的企鵝所留下的痕跡...... 。無名之火從碇真嗣心底裡冒起來並熾熱地燃燒著，他猶如破壞神濕婆般想要將這個世界毀滅。'咔嚓'一聲，朗基努斯之槍已經筆直插在南極洲的中央。與此同時，地面亦有了下陷的跡象。聯合國很快就發現了'Nerv'的陰謀，立即派出了成千上萬的無人機動兵器——薩瑟蘭，並以紅蓮聖天八極式(機動兵器)及蘭斯洛特(機動兵器)為首，朝著南極洲進發。同時亦發射大量ICBM(洲際彈道飛彈)，希望可以阻止末日的來臨。然而，大家都不是碇真嗣，因為Valvrave擁有世上最強之盾——李氏力場。它可以抵擋一切外來的傷害，刀槍不入。

'滴答......滴答......'時間一分一秒地過去，在等待地球重置的一小時裡，儘管真嗣與世隔絕了，他仿佛聽到了人類為喪親之痛不斷哀嚎、呻吟，一幕幕家散人亡的畫面就像走馬燈一樣在他的腦海裡跑過。他的內心頓時激烈地震動，他發現了他所做的事是錯誤的，他知道了這樣做才不是伸張正義，反而是滅絕人性的禽獸的行為。他趕緊把朗基努斯之槍拔出來，向真正的'禽獸'拋出他的'正義之槍'，'桃花源'就在一瞬眼間灰飛煙滅，留下黑漆漆的月球。

回到地球那邊，地球已經停止重置了。盡管四周都遭到破壞，但這也算是對破壞環境的人類的教訓，真嗣並沒有因此而感到後悔，只是從此不知所蹤。聯合國亦在此事後把翅焦點放在膀所帶來的問題上，並強制要求各國把國民的翅膀用無痛的方式剪掉。從此人類又再次站立於大地之上，渴望能再次在那蒼穹展翅飛舞。