西歷二零九九年，伴隨著日新月異的科技，太空旅遊已經不再是南柯一夢了。人類更開始於太陽系內擴展勢力，於多個星球上殖民，構建殖民衛星。

雖然人類的發展非常順利，但於太陽系內殖民已遠遠不能滿足人類無盡的野心。地球聯邦軍野心勃勃，決定開拓其他星系，以武力壓制其他外星文明，以滿足其如汪洋大海一樣的貪念。

地球聯邦軍為了展示行動的決心，派遣了多艘頂級宇宙驅逐艦，包括一艘強襲揚陸艦。外號「木馬號」的強襲揚陸艦搭載了多架機動戰士，是侵略任務的主力。

對於今次的侵略行動，地球聯邦軍內各執一詞，無奈主帥卻獨斷獨行，堅持執行侵略行動。雖然我立場反對，但軍令如山，唯有跟隨「木馬號」出征。

我是阿寶，隸屬於地球聯邦軍第二聯合艦隊第13獨立部隊，主要駕駛高達作戰，是「木馬號」中的王牌機師。

地球聯邦軍的艦隊雖然擁有頂級的戰鬥力，但天外有天，人外有人，於侵略戰中遇到猛烈的反擊。今次可謂我軍人生涯中，最嚴峻的挑戰......

我用著無力的雙手，執起鉛筆在日記上來來回回。已經過了數不盡的日子，腦海一直飄浮著戰鬥的畫面，一幕幕戰友被擊落的間，一直刻骨銘心。

王牌不再是王牌，「一年戰爭」所帶給我的，只有無法磨滅的傷痛。前所未有的慘敗教會我何謂「輸得一敗塗地」。如今我可以做的，就只有伴隨著殘破不堪的太空倉，以僅存的物資在太空中飄流...

在這個狹隘的太空倉裏，充滿著孤獨和黑暗，僅有的光源由遙遠星系透過玻璃窗射入來。這一絲光線就如我的希望般，如此渺茫。

突然，一道強光從窗外射入，白光把我的太空倉徹底照亮。我戴上望遠鏡往窗外瞧看，原來是宇宙商旅。我的希望完全倚賴在商旅上，我馬上駕著太空倉往商旅急速飛行。

幸好，商旅亦是來自地球聯邦的人，他們亦同情我的遭遇，暫時收流了我。期間，我們到了好幾個不同的星球進行買賣，我發現儘管大家的種族不同，但其他外星民族依然以熱情的態度招待我們。反之，地球聯邦軍卻只想以武力壓制別人，通過略奪別人來滿足欲望，得到如斯下場，我，亦是咎由自取。

商隊的旅長告訴我，商旅的終站將會重回地球聯邦。相比返回家鄉，飄流宇宙進行探險可能更適合我。軍人的生涯已經完結，從此不會再有王牌機師阿寶，但宇宙中卻出現了飄流者阿寶。