把我的太空船安置好後，惠惠便帶我拜訪這星球的主神。正當我期待之際，猜想著神的外貌時，一個看上去大約十五歲的少女出現在眼前，空著水手服的她在人群中顯得格外突出「你就是新來的外星人？」「是的！」我如是回答「什麼嘛！你看起來一點都不像外星人，阿虛，你說對不對！」少女身後的一個男生回答道「妳不是一直期待著外星人的嗎？現在終於出現了，妳卻在抱怨，人家好歹也是客人！」「真麻煩。」少女喃喃自語說「我也好歹是SOS團的團長，阿虛你卻一點面子也不給。」「算了，還是我來作介紹吧，我是阿虛，這位是凉宮春日，這裏的人們都稱她為主神，而我是她的伙伴。」「為什麼人們稱她為神？她看上去只是一個平平無奇的女高中生啊？」我不解地提出疑問「這星球的一切，都是五百年前，春日在不經意間所創造的，她甚至可以令時間循環，令這星球重複渡過了一萬五千五百三十二次的暑假。」我看著眼前的少女，不禁嚇了一大跳。此時，一個身披白袍的男子從門外衝了進來「啊！是岡部，你來這裏有什麼事嗎？」春日問道「快來不及了，再過十少時，使徒便要來襲了，要想想辨法救真由里，否則好不容易才來到的β世界線便要被摧毀了。」「什麼，真嗣還未好嗎？」阿虛問道「沒有駕駛員，怎麼打倒使徒啊！」「再這樣下去也是沒辨法的，把真嗣的插入栓換成傀儡系統。」一個戴著墨鏡，穿著軍裝的男人道「但是碇，傀儡系統十分不穩定，不適合此次作戰。」岡部倫太郎說「那你還有什麼方法？」碇轉頭看向倫太郎。

不久，使徒便在我方的雷達上出現，白色的骷髏頭，黑色的軀幹，胸前一顆紅色球狀核心，一隻人形巨獸便出現在眾人的眼前 「初號機出動！」但見眼前這部紫綠夾雜的人形兵器良久不動「唯，妳為什麼要拒絕我。」碇看著人形兵器，喃喃自語。眼見使徒把基地的甲板貫穿，正準備大肆破壞，一個少年出現了「我是……Evangelion初號機的駕駛員，碇真嗣！」「…」「把插入栓的設置轉成真嗣的。」碇說。

初號機啟動了，帶著眾人的希望，成功擊退了使徒，人類的新開始。